1. 内分泌失调：胚胎着床及发育依赖于母体内协调的内分泌系统，胚胎早期发育的时候，需要3种重要的激素水平来维持，即雌激素、孕激素、绒毛膜促性腺激素，如果内分泌功能失常，可致流产，其中常见的是黄体功能不全，黄体功能不全可造成子宫内膜发育迟缓和黄体期短，从而影响受精卵的种植，或胚胎进一步发育支持力度不够，导致早期妊娠流产。

　　2. 遗传基因缺陷：胚胎本身的因素 如染色体异常，或者在胚胎发育早期某些重要的组织、器官没有正常发育形成，这种情况属于自然的淘汰，即“适者生存，劣者淘汰”。夫妇任何一方有染色体异常可传至子代，染色体异常的胚胎有一半以上要发生早期自然流产。染色体异常包括数量和结构异常，常见的异常染色体核型为三倍体，如21三体，16三体，13三体和18三体等，大部分胚胎难以存活，发生胚胎停止发育或自然流产。

　　3. 母体患病：孕妇患有如下的全身性疾病，如严重的糖尿病、高血压、心脏病、病毒性肝炎、重度贫血、慢性肾炎或者孕妇有营养不良，特别是维生素缺乏，以及汞、铅、酒精中毒等;孕妇感染了病毒，如风疹病毒、巨细胞病毒、单纯疱疹病毒、弓形虫或者患有流感、伤寒、肺炎等急性传染病;生殖器官疾病，如子宫畸形、子宫肌瘤或宫腔粘连。

　　4.免疫系统异常：胚胎及胎儿与母体间存在复杂而特殊的免疫学关系，这种关系使胚胎及胎儿不被排斥。若母体胎儿间双方免疫不适应，则可引起母体对胎儿的排斥而阻止胚胎的发育，即“免疫排斥”。 如孕期母体封闭抗体不足，孕妇抗磷脂抗体产生过多、抗精子抗体的存在等。

　　5. 环境因素：妊娠期生理状态的改变、使母体对治疗药物和各种环境有害物质的吸收、分布和排泄发生了较大的改变，在发育初期，胚胎对治疗药物和环境因素的影响极为敏感，此时各种有害因素都可导致胚胎的损伤、甚至丢失。许多药物和环境因素是引起早期胚胎死亡或胎儿畸形的重要因素。环境类激素可直接作用于中枢神经内分泌调节系统，引起生殖激素分泌紊乱，出现生殖率下降和胚胎发育异常。造成流产的环境因素多种多样，其中包括X射线、微波、噪音、超声、高温等物理因素，以及重金属铝、铅、汞、锌影响受精卵着床或直接损害胚胎而导致流产。各类化学药物如二澳氯丙烷、二硫化碳、麻醉气体、口服抗糖尿病药等可干扰、损害生殖功能，致胚胎流产、死胎、畸形、发育迟缓及功能障碍。以及不良生活习惯如吸烟、酗酒、咖啡、毒品、某些药物等均影响早期胚胎发育。

　　6.另外一些疾病：如严重的糖尿病、高血压、心脏病、病毒性肝炎、重度贫血、慢性肾炎或者孕妇有营养不良，特别是维生素缺乏以及生殖器官疾病，如子宫肌瘤、卵巢早衰或宫腔粘连等也会使胚胎停止发育。